استحدث برنامج الماجستير في الرياضيات عام 1982م. يقوم البرنامج بتلبية الاحتياجات المحلية والاقليمية من المتخصصين في الرياضيات في مراحل التعليم المختلفة، وفي المجالات المرتبطة بالجوانب العلمية والتطبيقية الأخرى.

برنامج علوم الأرض هو برنامج له قيمته وأهميته على مستوى الدولة من حيث استثمار الموارد الطبيعية وتقديم حلول إبداعية للمشكلات الجيولوجية والكوارث الطبيعية.

برنامج العلوم البيئية هو برنامج رائد يجمع بين العلوم المختلفة من أجل حماية البيئة وتقديم الحلول البيئة المبتكرة للمشكلات البيئية المختلفة.

برنامج الجيوانفورماتكس التطبيقي هو الاول من نوعه من الجامعات الاردنية حيث انه يعني باستخدام تطبيقات التقنيات الحديثة في مجالات نظم المعلومات الجغرافية والاستشعار عن بعد ونظم الملاحة العالمية إذ ان لهذه التقنيات تطبيقات في مجالات لا يمكن حصرها في الجغرافيا والجيولوجيا والزراعة والمساحة والاثار والهندسة والتخطيط، والادارة، والمجالات العسكرية والامنية.