أنشئ قسم الاقتصاد والمصارف الإسلامية في 8/1/2001م. لتلبية الحاجة إلى متخصصين في الاقتصاد الإسلامي والمصارف الإسلامية ممن يجمعون بين المعرفة في علوم الاقتصاد وعلوم الشريعة، خاصة بعد نمو هذا العلم وظهور النماذج التطبيقية لبعض مسائله وأحكامه، وتزايد الاهتمام به على المستوى المحلي والإسلامي والعالمي. وبدأ القسم في تدريس برنامج الماجستير اعتبارا من عام 2001.

يهدف البرنامج إلى تخريج كفاءات علمية متميزة من طلبة الدراسات العليا والتي بدورها تسهم في خدمة المجتمع المحلي والجامعي من خلال تقديم العلم الشرعي في مجال الفقه والأصول بصورة  مؤصلة تستند إلى الأدلة  والقواعد الشرعية،   ويهدف البرنامج إلى توثيق العلاقات الأكاديمية التعاونية مع الأقسام المناظرة  في الجامعات الأخرى  كتبادل  الأساتذة الزائرين  والإشراف على  الرسائل العلمية لطلبة الدراسات العليا  ومناقشتها، وهذا بدوره يسهم في بناء صرح أكاديمي متميز في علم الفقه وأصوله.