أنشئ قسم الاقتصاد والمصارف الإسلامية في 8/1/2001م. لتلبية الحاجة إلى متخصصين في الاقتصاد الإسلامي والمصارف الإسلامية ممن يجمعون بين المعرفة في علوم الاقتصاد وعلوم الشريعة، خاصة بعد نمو هذا العلم وظهور النماذج التطبيقية لبعض مسائله وأحكامه، وتزايد الاهتمام به على المستوى المحلي والإسلامي والعالمي. وبدأ القسم في تدريس برنامج الدكتوراة اعتبارا من عام 2001.

يسعى برنامج الدكتوراة في الإدارة التربوية إلى إعداد القادة الإداريين للمؤسسات التربوية، من خلال تزويدهم بالمعارف والمهارات القيادية في مجالي التعليم المدرسي والتعليم العالي، ومهارات التخطيط الاستراتيجي، ورسم السياسات التربوية وإدارة الموارد البشرية في هذه المؤسسات.

برنامج متخصص في أصول التربية يسعى إلى إعداد طلبة وباحثين حاصلين على درجة الدكتوراة في الأصول التربوية الفلسفية والاجتماعية والنفسية والتاريخية للتعايش باحترام وطمأنينة مع الآخرين على اختلاف اختياراتهم الفكرية والتحلي بأخلاقيات الفكر التربوي الإسلامي في أنماطه السلوكية.

يهدف برنامج الدكتوراة في الإرشاد النفسي تزويد الطلبة بالمعرفة، والمهارات اللّازمة للعمل كمرشدين نفسيين في مختلف المجالات، كالمدارس والمؤسسات التعليمية، والمستشفيات، والمراكز النفسية، والمنظمات الدولية، ويقدم البرنامج مزيجًا متوازنًا من النظريات النفسية، والبحث العلمي، والتدريب العملي؛ لضمان إعداد خريجين قادرين على مواجهة التحديات المهنية بكفاءة.

برنامج الدكتوراه في علم النفس التربوي يهدف إلى تزويد الطلبة المعرفة والمهارات اللّازمة لفهم العمليات النفسية التي تؤثر على التعلم والتعليم. يركز البرنامج على دراسة كيفية تأثير العوامل النفسية والاجتماعية والثقافية على تطوير وتنفيذ المناهج الدراسية، وأساليب التدريس، وتقييم الأداء الطلابي.

يسعى برنامج الدكتوراة في القياس والتقويم إلى إعداد كوادر بشرية متخصصة في مجال القياس والتقويم والإحصاء التربوي ويتسم بالعمق، والكفاءة، والقدرة على الابتكار والتجديد لتمكينهم من الإسهام في دفع عجلة التطوّر العلمي في خدمة المجتمع من خلال إجراء البحوث العلمية الأصيلة، والتصدي للمشكلات والقضايا التربوية التي تحتاج إلى إسهام علم القياس والتقويم والإحصاء التربوي فيها بصورة أساسية.

برنامج الدكتوراة في مناهج اللغة العربية وأساليب تدريسها يمثل محوراً أساسياً في تحسين جودة تعليم اللغة العربية وتعزيز فهمها واستخدامها بشكل فعّال. يهدف البرنامج إلى تطوير قدرات الطلبة في تحليل وتصميم المناهج الدراسية التي تتناسب مع احتياجات المجتمعات المختلفة، بما يساهم في تعزيز الفهم اللُّغوي وتنمية مهارات الطلبة. يشمل البرنامج دراسة عميقة لنظريات المناهج وتطبيقاتها في سياقات التعليم العربي المعاصر، مع التركيز على تطوير أساليب تدريس مبتكرة تدمج التكنولوجيا الحديثة، والموارد التعليمية المتقدمة.

برنامج الدكتوراة في مناهج اللغة الإنجليزية وأساليب تدريسها يعد ركيزة أساسية في تحسين تعليم وتعلّم اللغة الإنجليزية على مستوى التعليم العالي. يهدف البرنامج إلى تمكين الطلبة من اكتساب المعرفة العميقة في نظرية المناهج والتطبيقات العملية لها، بالإضافة إلى استخدام أساليب تدريس حديثة ومبتكرة.

برنامج الدّكتوراة في مناهج الدراسات الاجتماعية وأساليب تدريسها من البرامج النادرة على مستوى الوطن العربي حيث إن جامعة اليرموك هي الجامعة الوحيدة التي تطرح برنامج متخصص في هذا المجال على مستوى الأردن والوطن العربي؛ لذا فان هذا البرنامج يستقطب الطلبة على مستوى الوطن العربي.

برنامج الدكتوراة في مناهج العلوم وأساليب تدريسها يهدف إلى إعداد متخصصين وباحثين يمتلكون المعرفة العميقة، والكفاءة العالية في تصميم وتطوير مناهج العلوم وابتكار أساليب تدريس فعّالة. يركز البرنامج على تعزيز القدرات البحثية والنظرية للطلبة، ويمكنهم من استخدام أحدث التقنيات والتكنولوجيا في تعليم العلوم.

برنامج الدكتوراة في مناهج الرياضيات وأساليب تدريسها يهدف إلى إعداد باحثين وأكاديميين متخصصين قادرين على تطوير وتصميم مناهج رياضيات متقدمة وفعّالة. يركز البرنامج على تعزيز المعرفة النظرية والعملية لدى الطلاب، وتطوير مهاراتهم في استخدام أساليب التدريس الحديثة والتكنولوجيا في تعليم الرياضيات.